為了高層玻璃鋼消防水箱的水質滿意運用要求，須定期對水箱內的水進行消毒，嚴格依照消毒步驟進行。
高層玻璃鋼消防水箱的消毒準備工作重要。防護用品如工作服、口罩、護目鏡、安全照明燈具等應完全。應查看高壓水槍泵、鼓風機等設備的完整性。滅菌藥品是否在有效期內進行查看。
然后查看操作電源。水箱工作時，照明電源電壓不得超越36V，運用應急燈或手電筒，三相水泵應裝有漏電啟動。還須查看氧氣是否在盒子里。
一些水箱封閉很長時刻，空氣循環簡直阻滯。突然進入會導致人缺氧和窒息。因此，能夠在FRP高層消防水箱的入口處銜接鼓風機。換氣時刻應為3小時。通風之后，把一根焚燒的蠟燭放進盒子里。假如蠟燭不平息，那就意味著池里沒有缺氧。不然，須持續通風直至滿意要求。
要注意的是，在清洗玻璃鋼消防水箱的過程中，操作人員須遵守操作要求，戴上護目鏡、口罩;假如頭暈、眼痛、郁悶、緊繃等不適，應離開水池，用清水洗眼。
呼吸新鮮空氣能夠恢復。在整理水箱內的碎片時，先用鏟子鏟出水箱內的泥土和沙子以及沉積物，然后依照玻璃鋼消防水箱頂壁底部的順序用掃帚或尼龍刷重復清洗，然后用高壓水沖洗。用槍排放污水。
消毒的一個環節是用1100的滅菌凈(一般為漂白精粉)水溶液進行消毒，用尼龍刷把消毒液涂抹在箱內板壁上，蓋好，封閉半小時后排出消毒水。
然后在玻璃鋼消防水箱內注入適量清水重復沖洗幾次。在清洗結束后，打開閥門向水箱內注水，達到標定的水位高度，并加蓋加鎖。

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